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Título: Identificação, caracterização e mapeamento físico de retroelementos em Quercus suber L.
Autor: Carvalho, Margarida Morais de, 1983-
Orientador: Gomes, Rui, 1958-
Rocheta, Margarida
Palavras-chave: Genética microbiana
Drosophila melanogaster
Teses de Mestrado
Issue Date: 2007
Resumo: LTR retrotransposons are ubiquitous mobile genetic elements in eukaryotic organisms, specially in plant kingdom, which represents their ancestrality. As retroelements, like retrovirus, they transpose through an RNA intermediate that is converted to cDNA by reverse transcriptase (RVT) and RNaseH, being then suitable for integration on the host genome. According to their genetic organization and sequence similarity they are classified as Ty1- copia or Ty3-gypsy, much like the type elements of Drosophila melanogaster. Recently it has been reported the presence of the gene env, characteristic of retrovirus and involved in their infectious capacity, in LTR retrotransposons Ty1-copia or Ty3-gypsy, which raised the hypothesis of some of these elements being in fact endogenous retroviruses. Additionaly the strong homology between retrotransposons of distant evolutionary species suggests that horizontal transmission has occurred during the evolution of these elements. In plants retrotransposons are major constituents of genomes, comprising 80% of the nuclear genome of maize. The Quercus suber species is one of the most important tree species in Portugal, both economically and ecologicaly. Nevertheless only but a few studies have been made about retrotransposons and its importance in the structure/evolution of the genome. In this work is strated the study of LTR retrotransposon in cork oak, through the identification and isolation of transcriptase reverse and env-like sequences in Ty1-copia retrotransposons. It is also studied the physical distribution of copia and gypsy-like RVT's and an env-like sequence in the genome of this species. The achieved results show the presence of copia and gypsy-like retrotransposons in cork oak, in addition to env-like sequences, spreaded through the genome and absent from heterocromatic regions, except for the gypsy-like element which exhibits a stronger signal in the rDNA 45S locus, NOR1 and in centromeres. Phylogenetic anal
Os retrotransposões LTR são elementos genéticos móveis ubíquos nos organismos eucariotas, em particular no reino vegetal, o que traduz a sua ancestralidade. À semelhança dos retrovirus, transpõem através de um intermediário de RNA, que é convertido em cDNA pela transcritase reversa (RVT) e RnaseH, sendo posteriormente integrado no genoma hospedeiro. Consoante a sua organização genética e homologia entre as suas sequências classificam-se em Ty1-copia ou Ty3-gypsy, à semelhança dos elementos tipo de Drosophila melanogaster. Recentemente foi descrita a presença do gene env, característico de retrovirus e envolvido na sua capacidade infecciosa, em retrotransposões LTR Ty1-copia e Ty3-gypsy, o que levantou a hipótese de alguns destes elementos serem retrovírus endógenos. Adicionalmente a elevada homologia entre retrotransposões de espécies evolutivamente distantes sugere que tenha ocorrido transmissão horizontal durante a evolução dos mesmos. Em plantas estes elementos são constituintes maioritários dos genomas, alcançando 80% do genoma nuclear de milho. A espécie Quercus suber é uma das mais importantes espécies de árvores em Portugal, a nível económico e ecológico, mas poucos estudos têm sido feitos acerca dos retroelementos e da sua importância na estrutura/evolução do genoma. Neste trabalho inicia-se o estudo dos retrotransposões LTR em sobreiro, pela identificação e isolamento de sequências de transcritases reversas (RVT's) e env-like em retrotransposões Ty1-copia. Adicionalmente estuda-se a distribuição física de RVT's copia e gypsy-like e de uma sequência env-like no genoma desta espécie. Os resultados obtidos revelam a presença de retrotransposões copia e gysy-like em sobreiro, além de sequências env-like , dispersos pelo genoma e ausentes de regiões heterocromáticas à excepção do elemento gypsy-like, que exibe uma marcação mais intensa no locus de rDNA 45S NOR1 e em centrómer
Descrição: Tese de mestrado em Biologia Celular e Biotecnologia apresentada à Universidade de Lisboa através da Faculdade de Ciências, 2007
URI: http://hdl.handle.net/10451/1190
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