Utilize este identificador para referenciar este registo: http://hdl.handle.net/10451/13927
Título: Aplicações com base em ontologias biomédicas: uma abordagem web semântica
Autor: Tavares, Bruno Filipe Gomes Feteira da Costa
Orientador: Couto,Francisco José Moreira
Palavras-chave: RPC
Biomedical ontology
RESTful
Semantic web
Web services
Teses de mestrado - 2011
Data de Defesa: 2011
Resumo: This report presents the work focused on building a BOA (Biomedical Ontology Applications) framework. The BOA research activity of XLDB group of LASIGE aims to investigate and develop applications to efficiently exploit the information contained in biomedical ontologies, such as Gene Ontology (GO) and Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI). BOA offers three web tools for the community: ProteInOn, and CMPSim CESSM. The aim of this thesis was to integrate these tools into a semantic web approach, based on a framework consists of: i) back-end, where the scripts run, ii) a mediator, a set of web services that allows communication between the different components of the framework and iii) front-end, web pages that allow to interact and view the results of the tools. The web services were developed so that they can be used internally, by tools created by the group or the web pages of tools, and externally, in a direct manner by users or integration into other tools or web pages. It is noteworthy that two web services architectures were implemented in order to fulfill all objectives. A RESTful architecture, making it easier for users without programming skills, and an RPC architecture that overcomes the limitations found in the RESTful architecture.
Este relatório apresenta o trabalho centrado na construção da BOA (Biomedical Ontology Applications) framework. A actividade de investigação BOA do grupo XLDB do LASIGE visa investigar e desenvolver aplicações para eficientemente explorar a informação contida nas ontologias biomédicas, por exemplo Gene Ontology (GO) e Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI). A actividade de investigação BOA disponibilizava três ferramentas web para a comunidade: ProteInOn, CMPSim e CESSM. O objectivo desta tese foi a integração destas ferramentas numa adordagem web semântica, com base numa framework composta por: i) back-end, onde os scripts correm, ii) mediador, um conjunto de serviços web que permite a comunicação entre os diferentes componentes da framework e iii) front-end, páginas web que permitem interagir e visualizar os resultados das ferramentas. Os serviços web foram desenvolvidos por forma a poderem ser utilizados internamente, por ferramentas criadas pelo grupo ou pelas páginas web das ferramentas, e externamente, de uma forma directa por utilizadores ou por integração noutras ferramentas ou páginas web. É de salientar que foram implementadas duas arquitecturas de serviços web de modo a cumprir todos os objectivos propostos. Uma arquitectura RESTful, facilitando assim a utilizadores sem conhecimentos de programação, e uma arquitectura RPC, que supera as limitações encontradas na arquitectura RESTful.
Descrição: Tese de mestrado em Tecnologias da Informação Aplicadas as Ciências Biológicas e Médicas, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2011
URI: http://hdl.handle.net/10451/13927
http://repositorio.ul.pt/handle/10455/6776
Aparece nas colecções:FC-DI - Master Thesis (dissertation)

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