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Título: Genomic evidences for the redox activity in oral-microbial induced corrosion
Autor: Senthamaraiselvi, Palaniappan
Orientador: Silva, Mário J. Gaspar da, 1961-
Fernandes, Pedro Menano Lobo
Palavras-chave: Corrosão induzida por micróbios
Genómica comparativa
Oxidoredutases
Bioinformática
Filogenética
Teses de mestrado - 2008
Data de Defesa: 2006
Resumo: Esta dissertação investiga indícios moleculares para compreensão de fenómenos de corrosão induzida por micróbios da cavidade oral com recurso a métodos da bioinformática, como o alinhamento de sequências, a análise comparativa de sequências e a análise filogenética. O estudo adopta uma abordagem reducionista para obtenção de conhecimento sobre estes fenómenos, através da filtragem de um conjunto alargado de dados seguida de uma análise detalhada de uma lista reduzida de sequências de bactérias da cavidade oral associadas a efeitos de biocorrosão observados experimentalmente. A estratégia seguida recorreu à inspecção de 500 micróbios da placa dental e 22 enzimas redox de forma a obter um conjunto de dados representativo restrito a 17 micróbios e três enzimas. O significado estatístico dos resultados obtidos e a correlação entre os indícios genómicos e os efeitos de corrosão induzida em micróbios observados experimentalmente mostram a efectividade da aproximação. A análise do bootstrap evidencia, com suporte acima de 90%, o envolvimento de padrões preservados e resíduos de factores electroquímicos que governam a modulação do potencial de redução para promoção da corrosão em sistemas biológicos complexos. Este trabalho identifica partilhas prováveis de genes entre espécies da placa dentária distantes entre si, sugerindo a presença de grupos de genes específicos da placa dentária.
This dissertation researches molecular clues of microbially induced corrosion phenomena of the oral cavity using bioinformatics methods. These include sequence alignments, comparative sequence analysis, and phylogenetic analysis. It adopts a reductionist approach to obtain this knowledge, by screening a large dataset and then conducting a detailed analysis of a shortlist of biologically meaningful sequences featured in oral microbes that are associated with the experimental effects of biocorrosion. The strategy involved the screening of a large dataset of 500 dental plaque microbes and 22 redox enzymes, to select a representative subset of the data, restricted to 17 microbes and three enzymes. The statistical confidence of the obtained results and the correlation between the genomic evidences and the experimentally observed effects of MIC show the effectiveness of the approach. High bootstrap support above 90% provides the molecular evidence of involvement of conserved patterns and residues in electrochemical factors that govern the modulation of reduction potential for promoting corrosion in complex biological systems. This work also identifies probable gene sharing events between distantly related dental plaque species, suggesting the presence of dental plaque-specific gene pools.
Descrição: Tese de mestrado em Bioinformática, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2006
URI: http://hdl.handle.net/10451/14051
http://repositorio.ul.pt/handle/10455/3323
Aparece nas colecções:FC-DI - Master Thesis (dissertation)

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